Selama ini kawasan pantai selatan terkenal sebagai tujuan wisata alam, potensi sumber daya alam di pesisir belum diberdayakan secara maksimal. Bantul mimiliki garis pantai sepanjang 13,5 km, masyarakat yang mengantungkan hidupnya dari hasil laut memang tidak banyak. Nelayan di pesisir selatan sebatas menggunakan peralatan sederhana. Penangkapan ikan sangat dipengaruhi oleh alam, musim panen penangkapan pada bulan oktober – April dengan jumlah trip penangkapan per tahun rata-rata 105 trip
sedang pada bulan Mei – September mengalami musim paceklik.

Di pesisir Bantul terdapat 5 pusat Tempat Pelelangan Ikan (TPI) yang telah dimanfaatkan oleh nelayan yaitu : TPI Mancingan Desa Parangtritis Kec. Kretek, TPI Depok Desa Parangtritis Kec. Kretek, TPI Samas Desa Srigading Kec. Sanden, TPI Kuaru Desa Poncosari Kec. Srandakan, TPI Ngentak Desa Poncosari Kec. Srandakan.

Dengan peralatan sederhana jakauan penangkapan ikan 4 mil laut dan hanya dapat menangkap jenis ikan bawah permukaan saja, seperti udang dan ikan bawal. Rata-rata per tahun hasil penangkapan ikan laut sebesar 344.668 kq. Menurut survey jarak 4 mil laut, Bantul memiliki potensi lestari perikanan laut mencapai sekitar 6.900 ton/tahun. Dengan demikian potensi ikan laut belum termanfaakan secara optimal.

Untuk meningkatkan kesejahteraan dan memberdayakan nelayan serta meningkatkan PAD dari sektor kelautan, Dinas Peternakan, Perikanan dan Kelautan melaksanakan program kegiatan antara lain peningkatan kemampuan SDM nelayan, melalui pelatihan teknis, studi banding. Peningkatan produksi melalui diversifikasi alat tangkap, penambahan unit perahu , penyempurnaan sarana tangkap (alat deteksi ikan). PemKab terus mengupayakan sarana dan prasarana untuk kebutuhan nelayan berupa penyempurnaan serta pembangunan dermaga dan TPI, pembangunan SPBU mini, pembangunan/ pabrik es, penyempurnaan sarana TPI. Pemkab terus berupaya mendatang investor untuk menyiapkan sarana dan prasarana.